・被リンク元がリンクをはずした
・リンク切れが発生している
・外部リンクが多い
・コンテンツの質が下がった
・ページボリューム(内部リンク)がなくなった
このなかで、被リンク元がリンクをはずした場合はどうしようもないですが、それ以外の部分については、自分で対処できるケースが多いですので、サイトの方を修正しておくとよいでしょう。
特に、リンク切れの発生については、けっこう重要な要因となっているケースが多いです。
例えば、下層ページにリンクが集まっている場合、その人気ページのPRが高く、結果としてそのページからリンクされているトップページも高くなるというケースがあるわけですが、その下層にある重要なページを作っておかなかったとしたら、トップのPRも減少してしまうことになるわけです。
また、wwwのあり・なしのどちらでもアクセスできるようにしておかないと、たいていの場合はPRが下がってしまいます。
日本ではwwwなしの方で設定する人も多いですが、海外ではたいていwwwありで設定されるケースが多いです。
なしの方でリンクされているのに、ありの方でサイトを公開していて、なしの方がリンク切れで404が返ってきているとしたら、間違いなくページランクはさがってしまいます。
最低限、wwwあり・なしのどちらでも表示されるようにし、さらに、301でどちらかに統一しておくのがベストな方法といえるでしょう。